透析只需要使用專用的半透膜即可完成，通常是將半透膜制成袋狀，將生物大分子樣品溶液置入袋內，將
透析袋浸入水或緩沖液中，樣品溶液中的大分子量的生物大分子被截留在袋內，而鹽和小分子物質不斷擴散透析到袋外，直到袋內外兩邊的濃度達到平衡為止。保留在透析袋內未透析出的樣品溶液稱為“保留液”，袋（膜）外的溶液稱為“滲出液”或“透析液”。
透析的動力是擴散壓，擴散壓是由橫跨膜兩邊的濃度梯度形成的。透析的速度反比于膜的厚度，正比于欲透析的小分子溶質在膜內外兩邊的濃度梯度，還正比于膜的面積和溫度，通常是4℃透析，升高溫度可加快透析速度。
新的透析袋如不作特殊處理，則可用沸水煮5-10分鐘，再用蒸餾水洗凈，即可使用。使用時，一端用橡皮筋或線繩扎緊，也可以使用特制的透析袋夾夾緊，由另一端灌滿水，用手指稍加壓，檢查不漏，方可裝入待透析液，通常要留三分之一至一半的空間，以防透析過程中，透析的小分子量較大時，袋外的水和緩沖液過量進入袋內將袋漲破。含鹽量很高的蛋白質溶液透析過夜時，體積增加50％是正常的。為了加快透析速度，除多次更換透析液外，還可使用磁子攪拌。透析的容器要大一些，可以使用大燒杯、大量筒和塑料桶。小量體積溶液的透析，可在袋內放一截兩頭燒圓的玻璃棒或兩端封口的玻璃管，以使透析袋沉入液面以下。
檢查透析袋的透析效果方法是用1％BaCl2檢查(NH4)2SO4，用1％AgNO3檢查NaCl、KCl等。
為提高透析效率，還可以使用各種透析裝置。使用者也可以自行設計與制作各種簡易的透析裝置。透析裝置由于使用對流透析的原理，使透析速度和效率大大提高。
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